Marginaalikustannukset koskevat vain niitä varastojen kustannuksia, jotka ovat syntyneet kunkin yksittäisen yksikön tuotannossa, kun taas absorptiokustannukset koskevat kaikkia tuotantokustannuksia kaikkiin tuotettuihin yksiköihin. Tämä johtaa seuraaviin eroihin näiden kahden menetelmän välillä:
- Kustannushakemus. Varastoihin sovelletaan vain muuttuvia kustannuksia rajakustannuksissa, kun taas kiinteitä yleiskustannuksia käytetään myös absorbointikustannuksissa.
- Kannattavuus. Kunkin yksittäisen myynnin kannattavuus näyttää olevan korkeampi rajakustannusten alla, kun taas kannattavuus näyttää olevan alhaisempi absorptiokustannuksissa.
- Mittaus. Voittojen raja-arvon laskennassa käytetään maksumarginaalia (joka ei sisällä käytettyjä yleiskustannuksia), kun taas bruttomarginaalia (joka sisältää käytetyt yleiskustannukset) käytetään absorptiokustannuksissa.
Yleiskustannukset kirjataan kuluksi marginaalikustannusten alaisena, kun taas niitä sovelletaan tuotteisiin absorptiokustannusmenetelmän mukaisesti (mikä voi siirtää kulujen kirjaamisen myöhemmälle kaudelle).
Lisäeroa on, että sovellettavat kirjanpitokehykset edellyttävät absorptiokustannuksia taloudellisen raportoinnin tarkoituksiin, jotta tehtaan yleiskustannukset sisällytetään varasto-omaisuuteen. Marginaalikustannuksia ei sallita taloudellisessa raportoinnissa, joten sen käyttö on rajoitettu sisäisiin johdon raportteihin.