Budjetointiin liittyy useita vakavia ongelmia, kuten pelitaito, budjettien luomiseen tarvittava liian pitkä aika ja budjetoinnin epätarkkuus. Yksityiskohtaisemmin budjetoinnin ongelmiin kuuluvat seuraavat:
Epätarkkuus. Talousarvio perustuu joukkoihin oletuksiin, jotka eivät yleensä ole liian kaukana toimintaedellytyksistä, joissa se on laadittu. Jos liiketoimintaympäristö muuttuu merkittävästi, yrityksen tulot tai kustannusrakenne voivat muuttua niin radikaalisti, että todelliset tulokset poikkeavat nopeasti budjetissa esitetyistä odotuksista. Tämä ehto on erityinen ongelma äkillisen taloudellisen taantuman aikana, koska talousarviossa sallitaan tietty määrä menoja, joita ei enää voida tukea äkillisesti alentuneiden tulojen tasolla. Ellei johto ryhdy nopeasti korvaamaan budjettia, johtajat jatkavat menojen käyttöä alkuperäisten budjettivaltuutustensa mukaisesti, mikä rikkoo mahdollisuuden ansaita voittoa. Muita ehtoja, jotka voivat myös aiheuttaa tulosten äkillisen poikkeaman budjetoiduista odotuksista, ovat korkojen, valuuttakurssien ja hyödykkeiden hintojen muutokset.
Jäykkä päätöksenteko. Budjetointiprosessi keskittää johtoryhmän huomion strategiaan vain varainhoitovuoden loppupuolella olevan budjetin laatimisjakson aikana. Loppuvuoden aikana ei ole menettelyllistä sitoutumista strategian uudelleen tarkasteluun. Joten jos markkinoilla tapahtuu perusteellinen muutos heti budjetin valmistuttua, ei ole olemassa järjestelmää tilanteen viralliseen tarkistamiseen ja muutosten tekemiseen, mikä asettaa yrityksen epäedulliseen asemaan kilpailijoidensa kanssa.
Vaadittu aika. Budjetin luominen voi olla hyvin aikaa vievää, varsinkin huonosti organisoidussa ympäristössä, jossa voidaan tarvita monia budjetin toistoja. Aika on lyhyempi, jos käytössä on hyvin suunniteltu budjetointimenettely, työntekijät ovat tottuneet prosessiin ja yritys käyttää budjetointiohjelmistoa. Tarvittava työ voi olla laajempaa, jos liiketoiminnan olosuhteet muuttuvat jatkuvasti, mikä edellyttää budjettimallin toistamista.
Järjestelmän pelaaminen. Kokenut johtaja voi yrittää ottaa käyttöön budjettivapauden, johon liittyy tietoisten tuloarvioiden tarkoituksellinen vähentäminen ja kustannusarvioiden lisääminen, jotta hän voi helposti saavuttaa suotuisat varianssit talousarvioon nähden. Tämä voi olla vakava ongelma ja vaatii huomattavaa valvontaa sen havaitsemiseksi ja poistamiseksi. Jokaista, joka käyttää pelaamista, kannustetaan lähinnä käyttäytymään epäeettisesti, mikä voi johtaa petoksiin liittyviin lisävaikeuksiin.
Syyttää lopputuloksista. Jos osasto ei saavuta budjetoituja tuloksia, osastopäällikkö voi syyttää muita osastoja, jotka tarjoavat sille palveluja, siitä, ettei se ole tukenut riittävästi osastoa.
Kulujen kohdentaminen. Talousarviossa voidaan määrätä, että tietyt määrät yleiskustannuksia kohdennetaan eri osastoille, ja näiden osastojen johtajat voivat kyseenalaistaa käytetyt kohdistusmenetelmät. Tämä on erityinen ongelma, kun osastot eivät saa korvata yrityksen sisäisiä palveluita halvemmilla palveluilla, jotka ovat saatavilla muualla.
Käytä sitä tai menetä se. Jos osastolle sallitaan tietty määrä menoja eikä vaikuta siltä, että osasto käyttää kaikki varat budjettikauden aikana, osastopäällikkö voi hyväksyä liialliset menot viime hetkellä sillä perusteella, että hänen budjettiaan supistetaan seuraavalla kaudella, ellei hän kuluta kaikkia sallittuja määriä. Talousarvio pyrkii siten saamaan johtajat uskomaan, että heillä on oikeus tiettyyn määrään rahoitusta vuosittain riippumatta varojen todellisesta tarpeesta.
Ottaa huomioon vain taloudelliset tulokset. Talousarvion luonne on numeerinen, joten sillä on taipumus keskittää johdon huomio yrityksen määrällisiin näkökohtiin. tämä tarkoittaa yleensä tarkoituksellista keskittymistä kannattavuuden parantamiseen tai ylläpitämiseen. Todellisuudessa asiakkaat eivät välitä yrityksen voitoista - he ostavat yritykseltä vain niin kauan kuin saavat hyvää palvelua ja hyvin rakennettuja tuotteita kohtuulliseen hintaan. Valitettavasti näiden käsitteiden rakentaminen talousarvioon on melko vaikeaa, koska ne ovat luonteeltaan laadullisia. Budjetointikonsepti ei siis välttämättä tue asiakkaiden tarpeita.
Tässä mainitut ongelmat ovat yleisiä ja vaikeita ratkaista.
