Budjetoinnin käytössä yrityksessä on useita haittoja, jotka ovat seuraavat:
Vaadittu aika. Budjetin luominen voi olla hyvin aikaa vievää, varsinkin huonosti organisoidussa ympäristössä, jossa voidaan tarvita monia budjetin toistoja. Aika on lyhyempi, jos käytössä on hyvin suunniteltu budjetointimenettely, työntekijät ovat tottuneet prosessiin ja yritys käyttää budjetointiohjelmistoa. Aikavaatimus voi olla epätavallisen suuri, jos käytössä on osallistava budjetointi, koska järjestelmään kuuluu suuri määrä työntekijöitä.
Järjestelmän pelaaminen. Kokenut johtaja voi yrittää ottaa käyttöön budjettivapauden, johon liittyy tietoisten tuloarvioiden tarkoituksellinen vähentäminen ja kustannusarvioiden lisääminen, jotta hän voi helposti saavuttaa suotuisat varianssit talousarvioon nähden. Tämä voi olla vakava ongelma ja vaatii huomattavaa valvontaa sen havaitsemiseksi ja poistamiseksi.
Syyttää lopputuloksista. Jos osasto ei saavuta budjetoituja tuloksiaan, osastopäällikkö voi syyttää muita yksiköitä, jotka tarjoavat sille palveluja, siitä, että he eivät ole tukeneet osastoa riittävästi.
Kulujen kohdentaminen. Talousarviossa voidaan määrätä, että tietyt määrät yleiskustannuksia kohdennetaan eri osastoille, ja näiden osastojen johtajat voivat kyseenalaistaa käytetyt kohdistusmenetelmät.
Käytä tai menetä se. Jos osastolle sallitaan tietty määrä menoja eikä vaikuta siltä, että osasto käyttää kaikki varat budjettikauden aikana, osastopäällikkö voi hyväksyä liialliset menot viime hetkellä sillä perusteella, että hänen budjettiaan supistetaan seuraavalla kaudella, ellei hän kuluta kaikkea nykyisessä talousarviossa sallittua.
Ottaa huomioon vain taloudelliset tulokset. Budjetit koskevat ensisijaisesti käteisvarojen kohdentamista tiettyihin toimintoihin ja liiketoimien odotettua lopputulosta - niissä ei käsitellä subjektiivisempia kysymyksiä, kuten asiakkaille tarjottavien tuotteiden tai palvelujen laatua. Se ei myöskään sisällä minkäänlaista liiketoiminnan riskien tarkastelua. Nämä muut asiat voidaan todeta osana talousarviota, mutta tätä ei yleensä tehdä.
Strateginen jäykkyys. Kun yritys laatii vuosibudjetin, ylin johto voi päättää, että organisaation painopiste ensi vuonna on kokonaan budjetissa asetettujen tavoitteiden saavuttamisessa. Tämä voi olla ongelma, jos markkinat siirtyvät toiseen suuntaan joskus varainhoitovuoden aikana. Tällöin yrityksen tulisi siirtyä markkinoiden mukana talousarvion noudattamisen sijaan.
