Manuaalinen järjestelmä on kirjanpitojärjestelmä, jossa kirjanpito pidetään käsin ilman tietokonejärjestelmää. Sen sijaan tapahtumat kirjoitetaan päiväkirjoihin, joista tiedot kootaan manuaalisesti tilinpäätösjoukkoon. Nämä järjestelmät kärsivät korkeasta virhetasosta ja ovat paljon hitaampia kuin tietokoneistetut järjestelmät. Manuaalisia järjestelmiä löytyy yleisimmin pienistä yrityksistä, joilla on vähän liiketoimia.